Parcours d'infos - 17 décembre 2021
C'est quoi ?
Le diagnostic génomique
En 2016, la France s’est dotée d’un « Plan France Médecine Génomique 2025 » visant à faire évoluer à l’horizon de 2025 la façon de diagnostiquer, prévenir, et soigner les patients en s’appuyant sur les technologies de séquençage à très haut débit du génome.
Le séquençage génomique est l’une des différentes méthodes de diagnostic génétique, chacune reposant sur des indications et techniques différentes. Ainsi l’outil de diagnostic génétique le plus ancien, et aussi le plus connu, est l’établissement d’un caryotype.
Le séquençage à très haut débit est une technique plus récente, rendue possible tant par les progrès en matière de connaissance du génome que par l’existence d’outils informatiques puissants permettant de passer au crible de grandes quantités de données. Il consiste à repérer les variations génétiques qui pourraient expliquer une maladie, en décodant l’ensemble de l’ADN d’une personne. En effet, le génome de deux êtres humains est en moyenne identique à 99%. Les 1% de différences entre elles sont appelées variations et expliquent le caractère unique de chaque être humain. Elles peuvent être fréquentes ou rares. Elles peuvent également être sans aucun impact sur la santé de la personne ou au contraire être pathogènes car impactant la fabrication des protéines permettant telle ou telle fonction du corps humain. D’autres encore n’auront un impact qu’en fonction des facteurs environnementaux entourant la personne : c’est alors qu’on parle de prédisposition génétique à développer une maladie.
La plupart des maladies génétiques sont rares car les variations pathogènes sont en général rares. En revanche, en raison du très grand nombre de gènes dans le génome (20 000), il existe de très nombreuses maladies différentes d’origine génétique (actuellement plus de 6 000 maladies rares d’origine génétique). C’est pourquoi le Plan France Génomique 2025 a priorisé les maladies rares, aux côtés de cancers, parmi les maladies susceptibles de constituer une indication de séquençage génomique. En effet, c’est la technologie de séquençage permettant la recherche de variations la plus complète. A noter que cette technique n’est pas pour autant exhaustive car elle est limitée aux données actuellement connues de la science.
A ce jour il est possible de prescrire un séquençage génomique pour 51 préindications concernant des maladies rares : il revient aux médecins lors d’une Réunion de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) de déterminer, sur la base d’un certain nombre de critères, si cette méthode de diagnostic génétique est effectivement pertinente pour la personne concernée. Ainsi, à titre d’exemple, dans le cas du diabète néonatal, une pathologie rare qui touche 1 nouveau-né sur 90.000 à 260.000 et qui constitue l’une des 51 préindications, le séquençage génomique ne va être envisagé qu’après la réalisation d’autres examens plus ciblés revenant négatifs.
Un séquençage génomique ne peut être prescrit que par un médecin rattaché à un Centre de Référence ou de Compétences maladies rares, ou par un médecin faisant partie d’un établissement de santé (hôpitaux) et habilité dans le cadre du plan France Médecine Génomique. Le diagnostic génomique s’inscrit donc dans un parcours de soins précis et coordonné, en lien avec les centres experts maladies rares.
Les conditions à réunir pour bénéficier d’un séquençage génomique sont donc drastiques et s’accompagnent de formalités de consentement rigoureuses car concernant des données éminemment sensibles et personnelles. En revanche, les modalités de prélèvement sont simples puisqu’il suffit le plus souvent de réaliser une prise de sang.
Il existe trois types de résultats principaux possibles après un examen de génétique :
- soit on identifie une ou plusieurs variations génétiques pathogènes qui pourraient expliquer la maladie et un diagnostic peut être posé ;
- soit on identifie une ou plusieurs variations génétiques sans que l’impact de celles-ci sur la santé du patient soit certain. Il peut alors être utile de compléter l’analyse par un examen de génétique chez d’autres membres de sa famille (en premier lieu, les parents) ;
- soit aucune modification ne pouvant expliquer la maladie n’est décelée à ce jour. Dans cette situation, si le patient est d’accord, les données générées par l’examen seront conservées et pourront être réutilisées plus tard dans le cadre de la même démarche diagnostique, en fonction de l’évolution des connaissances.
Dans tous les cas, le résultat sera communiqué par le médecin. Celui-ci ou le conseiller en génétique expliquera et commentera les résultats pour guider le malade ou sa famille dans la suite du parcours médical.
Pour aller plus loin :